Werner Herbers was 35 jaar lang solo-hoboïst van het Kon.Concertgebouworkest en werkte als solist samen met dirigenten als Haitink, Harnoncourt, Chailly, Berio, Macal, Vonk, De Waart, Leitner, Albrecht en Van Otterloo.

Na zijn studie hobo (bij Jaap en Haakon Stotijn), piano en orkestdirectie aan het Amsterdamse Muzieklyceum (1960/65) werkte Herbers bij verschillende omroeporkesten en het Rotterdams Philharmonisch tot zijn benoeming bij het Kon.Concertgebouworkest.
Herbers was van 1962 tot 1988 hoboïst en mede-artistiek leider van het Nederlands Blazersensemble, waarmee hij vele opnamen en tournees over de hele wereld maakte.

Na het uiteenvallen van het ooorspronkelijke NBE, richtte hij de Ebony Band op, een groep die zich heeft toegelegd op het herontdekken en uitvoeren van onbekende, vergeten of verloren gewaande muziek uit de eerste helft van de 20ste eeuw. Voor opnamen werd de groep met diverse prijzen onderscheiden (Edisons/Diapason d’Or).

Voor zijn verdiensten als musicus en muziekonderzoeker werd Herbers in 1997 de Haarlemse Hogenbijl Prijs verleend.

Als dirigent trad Werner Herbers op met zijn eigen Ebony Band, het ASKO, het Brabants Orkest, het Nederlands Kamerorkest, de New Yorkse Cappriccio Players, en in Berlijn, Wenen en Freiburg met de Duitse ensembles Oriol en recherche. Tevens leidde hij twee projecten met de blazers van het Budapest Festival Orchestra. In 2011 dirigeerde hij het Shanghai Symphony Orchestra.

Niet alleen de klassieke muziek van de 20ste eeuw, ook jazzmuziek speelt in Herbers’ muzikale leven een grote rol. Hij haalde verlorengewaande partituren van Amerikaanse arrangeurs/componisten zoals Robert Graettinger, Pete Rugolo, Franklyn Marks, Claude Thornhill, George Handy en Johnny Carisi weer boven water en voerde deze uit met de Ebony Big Band en met het Metropole Orkest. Ook trad hij op als (hobo)solist met o.a. het Jazz Orchestra of the Concertgebouw.

In oktober 2009 leidde hij twee concerten van een Stan Kenton Alumni Band tijdens het festival van het Los Angeles Jazz Institute.

Herbers was een aantal jaren als hoofdvakdocent hobo verbonden aan het Kon. Conservatorium in Den Haag. Als coach werkte hij op het Pacific Music Festival (Sapporo/Japan), de Canton International Summer Academy (Guangzhou/China), het Lindenbaum Festival in Seoul (Korea) en het Banff Centre (Canada).